最終的な「クリーンウォーター規則」の公布は、規制制定の基準から見て迅速であり、規則が最初に提案されてからわずか1年余りで実現した。 本規則は現時点で事前公開版（こちらから入手可能）のみが利用可能であるが、近い将来に連邦官報に掲載され、掲載後60日を経て発効する見込みである。最終化・発効後は、農業、開発、石油・ガス採掘、公益事業など、数多くの分野に影響を及ぼすことになる。
最終規則は波乱に満ちた経緯を経て成立した
清浄水法（CWA）における「合衆国の水域」の定義は、数十年にわたり論争を引き起こし、訴訟を生んできた。米国最高裁でさえ、この問題について二つの重要な判例で判断を下している。すなわち、ソリッド・ウェイスト・エージェンシー・オブ・ノーザン・クック・カウンティ対陸軍工兵隊 事件とラパノス対合衆国事件である。 残念ながら、2006年に判決が下された最新の判例であるラパノス対合衆国事件では多数意見が得られず、CWAにおける「合衆国の水域」の定義に曖昧さが残った。スカリア判事が執筆した多数意見は、連邦管轄権の対象となる水域は「比較的恒久的な、停滞または継続的に流れる水域」でなければならないと判示した。 ケネディ判事が執筆した補足意見は、問題の水域と州を跨ぐ河川などの「従来の意味での航行可能な水域」との間に「重要な関連性」が存在する場合、その水域は連邦管轄権内にあると述べた。どちらの基準を適用すべきかという混乱が生じた結果、行政機関と産業界の双方にとって困難な規制環境が生まれた。
定義を明確化するため、米国環境保護庁（EPA）と陸軍工兵司令部は2008年にガイダンス文書を発表し、「合衆国の水域」規制に関するラパノス判決後のアプローチを定めた。 このアプローチでは、一見孤立した湿地や非航行可能な支流など、従来規制対象外とされていた水域に対し、個別事案ごとの「重要な関連性」テストを採用した。規制対象となる業界はこの主観的と受け取られる基準に不満を抱き、当局は2011年に新たなガイダンス案を公表せざるを得なかった。しかし2011年のガイダンス案は多数の公的意見と強い反発に直面し、最終的に撤回された。
明確化の代償？「合衆国の水域」の改訂定義
米国環境保護庁（EPA）と陸軍工兵司令部は、清浄水規則の策定にあたり、個別ケースごとの評価が必要な事例を最小限に抑えることで、さらなる明確化を図ろうとした。 しかし、この規則により「合衆国の水域」と定義される水域の範囲が拡大されたため、個別事案ごとの判断は減少する可能性があり（規制対象者にとっての確実性は高まる）、一方で個別事案ごとの判断に基づく場合よりも多くの水域が連邦管轄権の対象となる。
予想通り、最終規則は、CWA（清浄水法）の下で長らく管轄権の対象とされてきた水域の4つのカテゴリーを確認している：
(1) 現在、過去、または将来的に州際通商に使用される可能性のある水域；
(2) 湿地を含む州際水域；
(3) 領海；および
(4) その他「合衆国の水域」と定義される水域の貯水池。
これら最初の4つのカテゴリーは比較的議論の余地が少ないが、以下の4つのカテゴリーは、この規則がCWA（清浄水法）に基づく連邦政府の権限を劇的に拡大するものであるという懸念の中心となっている。これには以下が含まれる：
(5) カテゴリー1から3に分類される水域（州際通商に使用される水域、州際水域、および領海）の「支流」；
(6) カテゴリー1から5に列挙された水域（「州際通商に使用される水域、州際水域、および領海」ならびにそれらの貯水池および支流）に「隣接する」水域；
(7) 特定の定義された水域のカテゴリー（例：プレーリー・ポットホール、カロライナ湾およびデルマーバ湾、西部春池など）。これらを総合的に考慮した場合、カテゴリー1から3の水域（州際通商に使用される水域、州際水域、または領海）との間に「重要な関連性」を有するもの。
(8) 以下の条件を満たす水域：(a) カテゴリー1～3（州際通商に使用される水域、州際水域、または領海）のいずれかの水域の100年洪水平野内に位置するか 、カテゴリー1～5（州際通商に使用される水域、州際水域、領海、およびそれらの貯水池・支流）のいずれかに記載された水域の高潮線または通常高水位線から4,000フィート以内に位置すること；かつ（b）カテゴリー1から3に該当する水域（州際通商に使用される水域、州際水域及び領海）と重要な関連性を持つ水域。
これらのカテゴリーは、いくつかの理由から機関のCWA管轄権を拡大する。第一に、この規則は「支流」という用語の新たな定義を確立し、これによりCWA下で従来「支流」とは見なされなかった水域がほぼ確実に管轄対象に含まれることになる。 新たな定義によれば、水域が以下の両条件を満たす場合、「支流」（したがって自動的にCWA管轄対象）となる：(i) 州際通商に利用される水域、州際水域、または領海に流量を供給すること、および (ii) 「河床と河岸」ならびに「通常高水位線」の物理的特徴を有すること。 この定義は水域の物理的特性に紐づくため、従来規制や当局ガイダンスで必要とされた「他の管轄水域との重要な関連性」の有無にかかわらず、これらの特性を有する水域はすべて対象となる。
この変更による最も重要な結果は、間欠的または「一時的な」河川（降雨時にのみ流れ、恒久的または継続的でない河川など）が、河床と河岸、および通常の高水位線を有する場合、従来必要とされた事例ごとの「重要な関連性」分析を経ることなく、自動的にCWAの管轄対象となる点である。 この変更により、業界では対象となる水域の数や種類について重大な懸念が生じている。ただし米国環境保護庁（EPA）は、規則公布後の公的コメントにおいて懸念緩和を図っており、「河床と河岸」および「通常の高水位線」の存在が重要な要素であること、また水が時折流れる全ての区域がCWAの管轄対象となるわけではないことを強調している。
第二に、最終規則は規制下で自動的に「隣接」とみなされる水域の数を拡大し、再び「重要な関連性」要件を廃止する。 この拡大は主に、新規則における「隣接する」の新たな定義を通じて行われる。この定義により、以下のいずれかに該当する水域は自動的に「隣接水域」として扱われる：1. 他の対象水域の通常高水位線から100フィート（約30.5メートル）以内に一部が位置する水域2. 100年洪水平野内に位置し、かつ他の対象水域の通常高水位線から1,500フィート（約457メートル）以内に一部が位置する水域 最終規則では、「隣接」水域が「重要な関連性」要件を満たす必要性は規定されていない。
第三に、カテゴリー7および8（「重要な関連性」要件が適用される唯一の残存カテゴリー）は、「その他の水域」の分類手法における変更を示す。 従来「その他の水域」カテゴリーは、その利用・劣化・破壊が「州際または外国貿易に影響を及ぼし得る」場合にのみ適用され、その規制は合衆国憲法の通商条項に基づく連邦権限に紐づいていた。新ルールではこの通商条項との紐付けは消滅し、代わりに「重要な関連性」要件が導入された。
現在連邦管轄権の対象となっている8つのカテゴリーのうち、最初の6つは規則による管轄権であり、個別の事案ごとの「重要な関連性」分析を必要としない。 残る2つのカテゴリーでは、対象水域と「同等の状況にある」水域の両方について、この分析が必要となる。したがって、「同様の機能を有し、下流の水域に影響を与える上で一体として機能するほど十分に近接している」その他の水域は、重大な関連性が存在するかどうかを判断する際、対象水域と併せて考慮されなければならない。ただし、カテゴリー7に列挙された水域は自動的にこの「同等の状況にある」カテゴリーに該当することに留意されたい。
「重要な関連性」の有無も新規則で定義されており、その判断は主に、当該水域（「同等の状況にある」水域と組み合わせて）の「機能」が、関連する下流の水域の「化学的、物理的、生物学的完全性」に「著しく寄与する」か否かに依存する。 当局は新たな規則が明確な境界線と簡潔な定義を通じてこの問題を「明確化・簡素化」すると主張しているが、この新たな定義は間違いなくCWA管轄対象となる水域の数を拡大すると同時に、「重要な関連性」の有無を判断する当局の裁量権を（拡大はしなくとも）維持している。
対象となる水域のカテゴリーを変更したことに加え、米国環境保護庁（EPA）と陸軍工兵司令部（Corps）は、定義から除外される水域についても明確化した。除外対象となる水域には以下が含まれる：
(1) 処理池またはラグーンを含む廃棄物処理システム
(2) 過去に耕作地として利用されていた土地
(3) 一時的な流れまたは断続的な流れを有する、あるいは直接または特定の水域を経由して流れない特定の溝
(4) 乾燥状態に戻る特定の人工的または一時的な構造物。これには以下が含まれる：人工灌漑区域、人工的に造成された湖沼、人工反射池またはプール、採掘・建設活動に伴う水溜り、侵食地形（ガリーやリルを含む）、水たまり
(5) 地下水
(6) 乾燥地に設置された雨水管理施設
(7) 乾燥地に建設された廃水再利用構造物
実施と司法審査のタイムライン
最終規則は、連邦官報への掲載から60日後に発効する。規則の発効日以前に発行される管轄権判断は、新たな定義ではなく、既存の「合衆国の水域」の定義およびガイダンス文書に準拠して行われるものとする。連邦官報への最終規則掲載日以前に陸軍工兵司令部が完全とみなした申請に関連する管轄権判定についても同様である。ただし当局は、規則掲載後に管轄権判定を求める者については、掲載から発効までの60日間では当該申請の判定を行う時間が不足するため、判定は新規則に基づいて行われることを想定すべきであると注意を促している。
この新規則の論争性を考慮すれば、連邦機関に対し規則の撤回と諸要素の再検討を義務付ける法案が提出されたのも当然である（法案追跡はこちら）。規則の有効性を争う訴訟も予想される。 ただし、規則の公布前版では、司法審査の管轄裁判所が明示的に決定されていなかった（規則前文の最終段落参照）。司法審査は、米国控訴裁判所または米国地方裁判所のいずれかで行われることになる。 司法審査が連邦控訴裁判所で行われる場合、訴訟は規則が司法審査目的で公布されたとみなされる日から120日以内に提起されなければならない。当局は、この公布日が規則が連邦官報に掲載された日から2週間後と特定している。一方、連邦地方裁判所での審査の場合、厳格な提訴期限は存在しないが、過度の遅延は異議申立ての能力に悪影響を及ぼすか、またはその可能性を消滅させる恐れがある。
当面の間、対象水域に影響を及ぼす可能性のある活動を実施しようとする関係者は、新たに拡大された「合衆国の水域」の定義が及ぼす影響を考慮すべきである。
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