2016年5月12日及び5月17日、連邦巡回区控訴裁判所は、2件の§101事件（EnFish, LLC v. Microsoft Corp. 及びIn re TLI Communications, LLC）について判決を下した。いずれもヒューズ判事が執筆したこれらの判決は、アリス判例枠組みの第一段階において「抽象的なアイデア」を対象とするクレームとそうでないクレームの境界線をどこに引くべきかを判断する困難なプロセスを示している。
エンフィッシュ事件において、裁判所は「コンピュータ・データベースのための革新的な論理モデル」を対象とする2件の特許の主張を検討した。 （判決文2頁）従来コンピュータソフトウェアで用いられてきた「リレーショナルデータベース」——各データカテゴリが別々のテーブルに格納され、それらの別々のテーブルが相互参照されて特定の属性を持つ情報を特定する——とは対照的に、係争特許は「自己参照型」データベースを主張していた。 このモデルでは全データエントリを単一テーブルに集約し、そのテーブルの列を同じテーブル内の行を用いて定義できる。特許明細書によれば、この「自己参照型」データベースの設計により、リレーショナルモデルでは不可能だった高速なデータ検索、テキスト以外のデータ（画像など）の効率的な保存、データベース構成の柔軟性向上が実現された。（Slip. Op. at 7.）
地方裁判所は、特許性のない抽象的概念を対象とするとして、§101に基づく主張されたクレームの無効に関するマイクロソフトの即決判決申立てを認めた。アリス判決の「ステップ1」において、地方裁判所は、当該クレームが「論理テーブルにおける記憶の保存、整理、および検索」という抽象的概念、あるいは「表形式を用いた情報整理の概念」を対象とするものと結論付けた（Slip. Op. at 14）。
控訴審において、連邦巡回区控訴裁判所パネルは、アリス判決が「コンピューター関連技術のあらゆる改良が本質的に抽象的であり、したがってステップ2で検討されなければならないと広く判示しているわけではない」と指摘した（判決文11頁）。これは「ソフトウェアがハードウェア改良と同様にコンピューター技術に対して非抽象的な改良をもたらし得る上、改良がどちらの経路でも達成され得る場合がある」ためである。 （同上）したがって、合議体は「アリス分析の第一段階においても、クレームがコンピュータ機能性の改良を指向しているのか、それとも抽象的概念を指向しているのかを問うことが重要である」と判断した。（同上）
この問題へのアプローチにより、連邦巡回区控訴裁判所は、主張されたクレームがアリス判決のステップ1において抽象的なアイデアを対象としているとする地方裁判所の判断を覆した。合議体は「クレームの明白な焦点は、コンピュータの通常の能力で用いられる経済的その他のタスクではなく、コンピュータ機能性そのものの改良にある」との理由からこの決定に至った。 (Slip Op. at 12.) 本判決は、地方裁判所が§101適合性を判断する際にクレーム限定事項を過度に単純化しないよう警告している。なぜなら「クレームをこれほど抽象的なレベルで記述し、クレームの言語から切り離すことは、§101の例外が原則を飲み込むことをほぼ確実にする」からである。 (Slip Op. at 14.) 最後に、判決は、特許発明が汎用コンピュータ上で動作可能であることが、クレームが特許性を欠くことを意味しないことを強調している。なぜなら、クレーム自体がコンピュータの機能そのものの改良に向けられていたからである。(Slip Op. at 16.)
わずか5日後に判決が下されたIn re TLI事件において、連邦巡回控訴裁判所は係争クレームが§101に基づき特許適格性を欠くと結論付けた。同事件のクレームは「デジタル画像の記録、記録装置から記憶装置へのデジタル画像の伝送、および記憶装置内におけるデジタル画像の管理」を対象としていた。 (判決文3頁)明細書は、先行技術がデジタル画像の記録・伝送・保存能力を教示していることを認めつつ、「大量のデジタル画像が記録され、中央コンピュータユニットにアーカイブされる場合、データベースの組織化が問題となる」と指摘した。 （判決文4頁）特許発明は、各デジタル画像に「分類情報」を付加して保存することで、ユーザーが後で画像をより容易に検索できるようにし、この問題を解決しようとした。（判決文4-5頁）
連邦巡回区控訴裁判所パネルは、当該クレームが「画像を分類し、その分類に基づいて画像を保存するという概念」を対象としており、「明細書は、記載された物理的構成要素が単に、デジタル画像を体系的に分類・保存するという抽象的概念を実行するための汎用環境を提供するに過ぎないことを明らかにしている」として、特許性のない抽象的概念を対象とするものであると判断した。 （判決文7-8頁）言い換えれば、当該クレームは「従来技術または汎用技術を、新興ではあるが周知の環境下で使用するものであり、これらを組み合わせることによって生じる問題に対する発明的な解決策を反映しているとは一切主張していない」のである（判決文8頁）。 さらに合議体は、当該クレームが以下の問題に対処していない点を指摘した：(1) カメラと携帯電話の組み合わせに関する問題、(2) 携帯電話ネットワークを介した画像伝送方法、(3) 伝送データへの分類情報付加方法、(4) 体系化されたデジタル画像を保存するサーバーの構造に関連する問題。これらの領域における問題解決を目的とするクレームであれば、アリス基準の第一段階を通過した可能性を示唆している。 （判決文9頁）判決は続いてアリス基準第2段階を適用し、主張されたクレームが抽象的概念を特許適格な応用に変換するのに十分な要素を記載していないとする地方裁判所の判断を支持した。（判決文9頁）
アリス判決後の第101条判例集におけるこれらの判断の重要性を示すべく、米国特許商標庁（USPTO）は直ちに審査官向けガイダンスを発行し、クレームがコンピュータ関連技術の改良を対象とするかどうかをステップ1（USPTO「ステップ2A」）で検討する必要性を強調した。
これらの決定はまた、クレームの具体的な言語表現に焦点を当てることの重要性を示している および 技術的革新を記述していると言える明細書の部分に焦点を当てることの重要性を示している。 特筆すべきは、EnFish事件で争点となった主張クレームは手段＋機能形式で起草されていたため、明細書内の対応するアルゴリズムを考慮して解釈されたのに対し、TLI事件の代表クレームは「デジタル画像の記録および管理」という広範なステップを含む方法クレームであった点である（ただし他の主張クレームには手段＋機能限定が含まれていた）。 明細書に記載された技術的教示と、それらの教示が請求項の内容とどのように関連しているかを裁判所に理解させることは、請求項が抽象的なアイデアを対象としているとの判断を回避する一方法となり得る。
