자동차 무역은 많은 무역 협정의 핵심이며, 제안된 EU-일본 무역 협정도 그중 하나이다. 2013년 6월 24일부터 7월 3일까지 일본 도쿄에서 개최되는 EU와 일본의 제2차 협상에서는 자동차 분야에 많은 초점이 맞춰질 것이다.
협상 과정에서 EU와 일본은 자동차 안전 기준 상호인정 합의 가능성을 논의할 계획이다. 현재 유럽 자동차 제조사는 일본에서 차량을 판매하기 위해 일본에서 안전 검사를 받아야 하며, 그 반대도 마찬가지다. EU와 일본이 안전 기준 상호인정에 합의할 경우, 유럽 자동차 제조사는 유럽에서 획득한 데이터를 활용해 유럽에서 안전 검사를 실시함으로써 자사 차량이 일본 안전 기준을 충족하는지 확인할 수 있으며, 그 반대도 가능하다. 이러한 상호인정 제도의 시행을 통해 유럽과 일본 자동차 제조업체들은 현재 상대 지역으로 차량을 수출하는 데 필요한 시간과 비용을 절감할 수 있다.
자동차 안전 기준 상호인정 협상 이후, 협상의 초점은 관세 및 비관세 장벽 문제로 전환될 예정이다. EU는 현재 수입차에 대해 10%의 관세를 부과하고 있으며, 일본은 이러한 관세 철폐를 요구하고 있다. 반면 EU는 일본이 수입차에 대해 관세를 부과하지 않음에도 불구하고, 독특한 안전 및 환경 기준을 포함한 다양한 비관세 장벽을 유지하고 있다고 주장한다. 여러 유럽 국가들이 유럽으로 수입되는 일본차 증가를 우려하고 있어, 이러한 문제들에 대한 협상은 길고 힘든 과정이 될 것으로 보인다.
따라서 EU-일본 무역협정 협상 진행에는 여전히 많은 불확실성이 존재한다. 또한 미국-EU 무역협정 및 미국과 일본이 포함된 환태평양경제동반자협정(TPP)과 관련하여 동시에 진행 중인 협상들로부터도 영향을 받을 가능성이 크다. 이러한 불확실성에도 불구하고, EU와 일본이 자동차 안전 기준 상호인정 방향으로 움직이기 시작한 것은 사실이다. 이 조치가 실제로 실현된다면 유럽과 일본 간 자동차 수출입이 가속화될 것이며, 해당 지역에서 사업을 영위하는 미국 기반 자동차 부품 공급업체에도 영향을 미칠 것이다.